Patient visit# T to SC (mo.) T to SC (yr.) LogRNA CD3 CD8 CD4 Comments about this file p1 -3 -0.28 2.301 1443 539 783 These data were provided by Brandon Maust and Jim Mullins. p1 2 3 0.28 3.822 2210 1326 858 This file contains data for many sampling timepoints; not all timepoints have sequence data. p1 6 0.51 1826 1276 594 Sequences in GenBank and LANL-HIVdb are named according to months post-seroconversion (SC). p1 10 0.81 3.051 2740 2031 709 Sequences in the alignments obtained directly from the Mullins lab are named according to visit number. p1 4 14 1.18 3.442 1588 1089 517 "For additional information, see http://hiv.lanl.gov/content/sequence/HIV/SI_alignments/datasets.html" p1 5 24 1.97 3.567 1685 1352 437 p1 27 2.22 3.690 2664 1808 952 p1 7 34 2.86 4.122 2390 1574 845 p1 37 3.08 2807 2079 728 p1 40 3.32 4.502 2693 2203 428 p1 9 45 3.75 4.726 3020 2196 755 p1 48 4.02 2975 2248 694 p1 10 51 4.23 4.134 2048 1707 463 p1 11 61 5.07 4.059 2837 2354 484 p1 12 66 5.46 4.237 2608 2134 534 p1 13 68 5.70 . 2170 1596 524 p1 14 77 6.45 5.013 2681 2019 505 p1 15 80 6.67 5.314 1909 1714 147 p1 16 87 7.28 4.727 683 606 44 p1 17 94 7.81 5.030 690 655 59 p1 18 98 8.17 4.306 442 415 27 p1 19 105 8.75 4.613 783 731 42 p2 -5 -0.43 2.301 2864 1139 1587 p2 2 5 0.42 4.837 3805 1944 1613 p2 4 12 1.00 4.147 2040 986 986 p2 5 20 1.67 4.654 2224 1099 1072 p2 23 1.95 . 2670 1179 1457 p2 7 30 2.54 3.783 3089 1373 1579 p2 8 40 3.30 3.548 3006 1450 1556 p2 45 3.79 . 3666 1854 1559 p2 10 51 4.29 5.343 3276 1492 1784 p2 12 61 5.05 4.670 3063 1395 1667 p2 13 68 5.67 4.544 3545 1627 1710 p2 14 73 6.11 4.688 3346 1542 1654 p2 15 80 6.63 5.307 2516 1346 1112 p2 16 85 7.11 5.539 2345 1572 693 p2 17 91 7.57 5.430 2219 1697 470 p2 97 8.06 . 1716 1459 215 p2 19 103 8.60 4.920 1582 1385 178 p2 109 9.11 . 1196 1062 121 p2 115 9.55 . 1190 1012 134 p2 121 10.07 . 1714 1489 122 p2 23 126 10.49 5.214 1215 1049 100 p2 132 11.01 . 616 522 33 p2 25 138 5.230 347 295 10 p2 26 144 2.509 1372 1176 94 p2 28 158 5.470 1221 884 295 p2 29 164 2.117 2492 1685 702 p3 -4 -0.36 2147 1058 1149 p3 6 4 0.35 2.777 2136 739 1259 p3 7 9 0.74 4.428 2020 764 983 p3 15 1.28 . 2075 1256 683 p3 20 1.70 . 2260 1275 753 p3 10 26 2.15 3.795 2574 1785 686 p3 11 30 2.52 3.887 2643 2067 576 p3 37 3.08 . 2523 1908 647 p3 13 42 3.54 3.108 2464 1664 672 p3 49 4.05 3.490 2399 1153 935 p3 15 55 4.57 4.250 2045 1023 734 p3 61 5.07 . 2376 1574 653 p3 17 67 5.57 3.392 2317 1752 624 p3 18 73 6.08 4.300 2228 1889 367 p3 19 80 6.64 5.070 2021 1779 254 p3 20 85 7.12 . 2280 2036 271 p3 21 91 7.62 . 1572 1411 141 p3 22 96 8.04 4.774 . . . p3 102 8.46 . 1528 1373 66 p3 108 8.99 . 45 37 2 p4 2 4 0.30 5.058 1765 1236 543 p4 3 9 0.72 4.765 1705 1217 605 p4 4 15 1.24 4.767 1936 1284 560 p4 5 21 1.75 4.573 1944 1409 482 p4 6 27 2.25 4.210 1969 1446 513 p4 7 33 2.71 3.570 2706 2148 529 p4 8 38 3.19 4.859 1638 1339 411 p4 9 42 3.50 neg 1665 1205 387 p4 10 48 3.98 4.960 1648 1417 278 p4 11 53 4.38 4.793 2082 1836 370 p4 12 59 4.92 3.669 1933 1501 280 p4 13 65 5.40 5.321 1898 1442 278 p4 14 71 5.90 5.405 2804 2426 189 p4 15 76 6.36 5.114 1201 1030 47 p4 17 89 7.43 5.367 493 463 8 p5 -3 -0.25 . 1853 625 1289 p5 2 3 0.25 3.892 1526 495 1010 p5 3 9 0.74 3.445 1523 554 847 p5 4 16 1.30 4.262 1254 497 829 p5 4.1 19 1.57 3.792 . . . p5 5 21 1.78 3.717 1459 589 702 p5 5.1 25 2.09 3.983 . . . p5 6 28 2.31 4.825 1683 816 742 p5 7 34 2.82 4.228 1841 1077 692 p5 8 40 3.35 5.007 1439 923 500 p5 8.1 42 3.55 4.475 . . . p5 9 43 3.61 4.507 1282 415 869 p5 10 49 4.10 4.329 1755 1072 615 p5 11 56 4.66 4.423 1710 1202 498 p5 12 62 5.19 4.888 1285 880 334 p5 13 68 5.67 5.261 1558 1261 241 p5 75 6.21 . 688 645 22 p5 15 81 6.73 4.619 625 563 18 p5 86 7.17 . 240 208 4 p5 92 7.63 . 219 195 2 p6 -3 -0.21 1403 760 558 p6 11 3 0.21 3.673 2002 1197 806 p6 12 9 0.71 3.773 967 523 418 p6 13 18 1.51 4.205 1599 789 708 p6 14 24 2.00 4.763 1307 764 526 p6 15 30 2.47 4.726 1273 838 404 p6 16 36 2.96 5.127 1184 813 371 p6 17 42 3.46 5.358 1071 726 291 p6 18 48 3.96 5.382 1044 721 311 p6 19 54 4.46 5.382 1143 819 276 p6 59 4.90 4.964 489 367 117 p6 65 5.39 . 248 201 39 p6 22 73 6.05 5.420 308 278 24 p7 -2 -0.19 . 1424 404 943 p7 5 2 0.20 3.796 1173 466 662 p7 7 0.59 . 1092 297 458 p7 14 1.13 . 1280 454 810 p7 20 1.63 . 1217 452 780 p7 9 25 2.09 3.834 1459 685 739 p7 10 31 2.55 4.334 1162 541 685 p7 37 3.12 . 1081 579 502 p7 12 44 3.68 4.342 1003 557 460 p7 13 50 4.16 3.962 1204 617 543 p7 14 56 4.63 5.096 1144 636 494 p7 15 62 5.13 4.701 1553 978 537 p7 68 5.69 . 1181 740 427 p7 17 74 6.17 4.632 1476 1024 373 p7 18 80 6.68 4.883 1126 866 237 p7 19 87 7.25 . 1047 881 159 p7 20 93 7.78 . 933 815 74 p7 21 99 8.28 . 722 671 20 p7 22 105 8.72 . 540 515 19 p8 -3 -0.29 . 1640 555 1186 p8 9 3 0.29 3.607 1196 489 708 p8 10 10 0.85 3.906 850 480 419 p8 11 17 1.38 4.181 1118 613 505 p8 12 23 1.92 . 1251 725 544 p8 13 29 2.40 3.975 1212 636 545 p8 14 35 2.92 3.857 934 461 448 p8 15 41 3.38 4.545 1434 842 591 p8 16 46 3.86 4.334 1338 875 463 p8 17 53 4.43 4.354 1200 782 359 p8 18 59 4.93 4.549 1422 1010 410 p8 19 65 5.45 5.056 1325 1014 278 p8 20 70 5.87 4.454 1448 1172 259 p8 75 6.23 1403 1219 200 p8 22 81 6.73 4.250 781 708 55 p8 24 95 7.91 4.368 1167 1008 87 p8 25 101 3.603 806 677 111 p8 26 106 3.565 968 823 123 p8 27 113 3.209 962 782 152 p9 -9 -0.75 1672 592 1261 p9 -3 -0.24 5661 2477 3184 p9 3 3 0.25 5.163 4459 3038 1225 p9 4 9 0.73 4.096 2766 1833 804 p9 14 1.19 . 2719 1916 742 p9 5.1 17 1.45 4.209 . . . p9 27 2.22 . 1991 1184 756 p9 33 2.72 . 2469 1997 368 p9 9 39 3.21 3.914 2738 2053 625 p9 45 3.71 . 2650 2031 589 p9 51 4.21 . 2730 1478 1156 p9 57 4.72 . 2893 2264 566 p9 13 63 5.22 2.723 2907 1758 1115 p9 68 5.70 . 2676 1376 1017 p9 75 6.22 . 3597 2007 1296 p9 80 6.68 . 2870 1715 1085 p9 17 86 7.18 3.651 3662 2367 1295 p9 92 7.69 . 3962 2935 1223 p9 98 8.17 . 2907 2155 855 p9 20 104 8.69 4.105 3766 2661 947 p9 21 111 9.21 4.473 . . . p9 22 117 9.71 4.866 3549 3059 549 p9 122 10.17 4.866 1284 1018 258 p9 24 129 10.71 5.305 3158 2526 612 p9 25 134 11.19 5.523 2275 2068 202 p9 26 141 1.763 2827 2107 776 p9 29 158 neg 2335 1339 982 p10 5 14 1.14 2.093 1419 564 836 p10 6 20 1.65 2.477 2553 1002 1454 p10 7 26 2.15 2.904 2722 907 1588 p10 8 32 2.67 2.760 3146 1488 1615 p10 9 38 3.13 . 2222 931 1231 p10 10 44 3.66 3.504 2972 1212 1681 p10 11 50 4.14 . 3006 1187 1740 p10 12 54 4.47 . 2366 1035 1331 p10 13 62 5.18 . 1704 716 1062 p10 14 67 5.62 . 2212 1044 1260 p10 15 74 6.14 . 1962 796 1140 p10 16 80 6.64 . 1753 687 1019 p10 17 86 7.13 4.043 1994 955 1095 p10 18 92 7.65 . 1781 878 953 p10 19 98 8.17 . 1806 903 950 p10 20 105 8.75 . 1901 944 994 p10 21 110 9.21 . 2046 1081 1030 p10 22 117 9.72 . 1498 714 774 p10 25 134 11.18 . 1966 1007 885 p10 26 140 11.68 . 2176 1359 805 p10 27 147 12.23 2.880 1802 961 808 p10 28 154 12.79 2.640 1962 1161 789 p10 29 158 13.18 2.751 1695 927 779 p11 -20 -1.66 3274 722 2407 p11 -14 -1.14 1602 499 1082 p11 -8 -0.64 1381 400 945 p11 -2 -0.18 1672 462 1166 p11 5 -3 -0.21 3.11 1755 455 1279 p11 6 3 0.21 2.68 1687 542 1085 p11 10 0.84 2.70 1741 588 1130 p11 13 1.08 2.72 1626 578 1176 p11 17 1.39 2.48 2058 724 1289 p11 17 1.42 2.95 1796 626 1190 p11 27 2.24 3.89 1948 613 1379 p11 10 29 2.42 2.87 1485 636 831 p11 40 3.33 2.69 1379 558 821 p11 12 42 3.48 2.69 1361 538 840 p11 51 4.29 1881 627 1189 p11 57 4.73 3.16 1782 648 1053 p11 15 58 4.83 2.67 1978 772 1230 p11 69 5.73 3.20 1921 729 1214 p11 17 70 5.83 3.25 1934 795 1118 p11 81 6.74 3.33 2171 840 1262 p11 87 7.24 2208 918 1240 p11 93 7.72 3.66 1760 739 970 p11 22 100 8.30 1468 631 823 p11 100 8.36 3.81 1719 916 793 p11 110 9.20 1642 710 852 p11 116 9.68 1724 851 809 p11 123 10.21 1424 677 691 p11 128 10.69 4.42 1288 667 605 p11 134 11.20 4.71 p11 140 11.70 4.94